利用受精卵透明帶的屏障作用，以及胎盤屏障作用，結合體外受精和胚胎移植技術，可以去除目的小鼠所感染的細菌、病毒、體內外寄生蟲等，將小鼠微生物等級提升至SPF級及以上。
快速擴繁
利用體外受精+胚胎移植技術可快速得到大量后代子鼠，最少僅用2只雄鼠即可獲得大量同一周齡的子代小鼠，從開始實驗到小鼠出生，周期在24天左右。
輔助生殖
利用體外受精+胚胎移植技術手段，可以挽救因小鼠年齡較大、微生物感染、生殖器官畸形或發育異常、肥胖導致交配困難等因素引起的不孕不育品系。
冷凍保種（精子冷凍、胚胎冷凍）
小鼠的保種方法除了活體繁殖傳代外，還可采用小鼠精子、胚胎冷凍技術保種,將小鼠的胚胎或精子預處理后裝入麥管（或凍存管）中，保存在-196℃的液氮中?？梢怨澥〈罅康幕\位空間，活體飼養成本；避免微生物感染、基因漂變和污染，實現保種的長久化。
